Die Stadt, so erzählt es die Legende, verdankt ihre Gründung den Hunden des Franziskanermönches Juan de San Miguel, die sich an einer Quelle namens El Chorro eine kleine Pause gönnten. Juan de San Miguel fand diesen Ort so schön, dass er eine Mission errichten ließ.
Seit dem war San Miguel die nördlichste spanische Siedlung in Zentralmexiko und sollte auch in den darauffolgenden Zeiten eine historisch bedeutende Stadt werden. Besonders bekannt wurde der Ort vor allemdurch Ignacio Allende, den berühmten Verfechter der mexikanischen Unabhängigkeit, der 1779 hier geboren wurde. Als Anführer einer Verschwörung, die am 8. Dezember 1810 den Start für den bewaffneten Aufstand bedeutete, geriet er nach anfänglichen Erfolgen in Chihuahua in Gefangenschaft und wurde kurz darauf hingerichtet.
Als Mexiko 1821 unabhängig wurde, feierte ihn das Volk als Märtyrer. Ihmzu Ehren wurde 1826 die Stadt in San Miguel de Allende umbenannt. Heute ist San Miguel de Allende eine der bezauberndsten Städte Zentralmexikos und zählt nicht ohne Grund zu den „Pueblos Mágicos“, den magischen Dörfern. Wegen seines typischen und gepflegten Charakters ist dieser geschichtsträchtige Ort einer der Hauptanziehungspunkte der Region. Weltweit ist die Stadt für seine Architektur aus der Kolonialzeit und die pittoresken Kopfsteinpflasterstraßen berühmt. Ein Abstecher zum Plaza Principal, auch El Jardín genannt, oder zu den weithin sichtbaren Kirchtürmen der Parroquia, die im gotischen Stil in den Himmel ragen, darf bei keinem Besuch der Stadt fehlen.